区环境保护局设3个内设机构：

　　（一）综合科

　　协助局领导组织协调机关工作。拟定局机关年度工作计划、工作总结、综合性报告及规章制度并督促实施。负责重要会议组织和有关会议决定事项的督促落实工作。负责局机关和直属单位财务、经费、国有资产管理。分析和预测全区环境保护形势，发布全区环境保护信息和预警信息。负责机关文电处理、会议组织、档案管理、保密、安全、政务信息、后勤服务等工作。负责全区环保宣传、教育、培训工作。负责局机关及下属事业单位的人事管理等管理工作。承担区环委会交办的任务。

　　（二）污染控制科

　　草拟和组织实施大气、水体、噪声、固体废物的污染防治行政措施。组织实施全区环境综合整治定量考核、排污申报登记、排污许可证、污染物总量控制、污染源限期治理。负责管理全区固体危险废物，配合市局做好辖区内发散性同位素与射线装置使用单位的日常安全监管工作。配合有关部门实施污染集中控制。负责排污许可证发放。淘汰污染严重的落后工艺和设备。组织拟定并监督实施国家、省、市重点流域、重点区域污染防治规划。配合创建国家生态市和城市环境综合整治工作。承担区环境信息系统的建设与管理，负责环境信息的收集、加工、咨询和相关技术服务。完成市环保局污控处、自然处、固废辐射处、计财处布置的工作任务。

　　（三）建设项目环境管理科

　　负责全区建设项目环境管理工作。负责建设项目的环境影响评价文件的审批及“三同时”验收工作。负责重点建设项目的配套服务。组织环保科研及环保实用技术的推广；组织推行清洁生产，负责环境管理体系和环境标准的有关工作；指导和推动环境保护产业发展；负责环保科技信息工作。完成市环境保护局开发处、科技处、环保研究所布置的工作任务。