区审计局设2个内设机构：

（一）投资审计科

组织审计区级政府投资和以区级政府投资为主的建设项目的预算执行情况及决算。开展政府投资项目专项审计和审计调查，负责区重点政府投资项目的工程财务决算审计。对区重点政府投资项目开展项目跟踪审计。负责对聘用工程审计中介机构或工程审计人员进行管理、培训和监督。对区辖镇、开发区、各街道办事处的政府投资项目审计进行监督和指导。

（二）行政事业审计科

负责区本级预算执行和其他财政收支情况，区辖镇、开发区、各街道办事处预算执行、决算和其他财政收支情况。负责区级党群、行政机关、事业单位的部门预算执行和财务收支审计，区属国有企业的资产负债损益审计。负责区政府部门管理的和社会团体受区政府委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他专项基金、资金的财务收支审计。完成局交办的专项资金财务收支审计、经济责任审计等其他事项。监督检查审计决定执行情况以及审计意见建议采纳情况，组织审计整改情况专项督查回访。负责审计工作规划和年度计划管理，地方性审计制度、规范的监督执行，审计业务的三级复核。协助局领导处理局机关日常政务，负责重要活动和会议组织以及有关文件起草，负责审计信息宣传和审计结果公告，负责文秘、机要、培训、考核、档案、网络、财务等工作，负责局党风廉政建设工作。负责局计算机审计各项工作及审计统计管理。对内部审计工作进行业务指导和审计质量检查。